Με απόφαση του Γενικού Διευθυντή Περιβαλλοντικής Πολιτικής του Υπουργείου Περιβάλλοντος τροποποιήθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι του Νέου Λιμένα Ηγουμενίτσας και έτσι δίνεται η δυνατότητα της κατασκευής και λειτουργίας υδατοδρομίου εντός του λιμένα. Πρόκειται για το πρώτο υδατοδρόμιο που δρομολογείται στην Ήπειρο.

Η προσθαλάσσωση και αποθαλάσσωση των υδροπλάνων θα γίνεται ανάλογα με τις επικρατούσες καιρικές συνθήκες σε έναν από τους τρεις υδατοδιαδρόμους, οι οποίοι έχουν διαστάσεις 350m x 20m και αφορούν σε ελεύθερο θαλάσσιο χώρο, εντός του οποίου δεν απαιτείται ούτε προβλέπεται κανένα είδος έργου, κατασκευής ή οριοθέτησης.

Η προσέγγιση και ο ελλιμενισμός των υδροπλάνων θα γίνεται σε πλωτό προβλήτα, ενώ οι χερσαίες υποδομές του υδατοδρομίου θα στεγαστούν στο υφιστάμενο κτίριο Τερματικού Σταθμού Επιβατών Τ2.