Επίσης, δεν επιβάλλονται τα διοικητικά πρόστιμα, των 100, 250 και 500 ευρώ, ακόμη και αν οι τροποποιητικές υποβληθούν μετά τη λήξη της προθεσμίας υποβολής των φορολογικών δηλώσεων και αφορούν στις ακόλουθες περιπτώσεις:

• Για τις εκπρόθεσμες τροποποιητικές δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος λόγω βεβαιώσεων αποδοχών που εκδόθηκαν καθυστερημένα. Αν ο εργοδότης εκδώσει καθυστερημένα τη βεβαίωση αποδοχών και ο μισθωτός υποβάλει τροποποιητική δήλωση εντός του έτους του οποίου εκδόθηκε η βεβαίωση, δεν επιβαρύνεται με πρόστιμο.

• Για εκπρόθεσμες τροποποιητικές δηλώσεις, που αφορούν σε διόρθωση στοιχείων προστατευόμενου μέλους.

• Για εκπρόθεσμες τροποποιητικές δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος για διόρθωση λανθασμένου Α.Μ.Κ.Α.

• Για εκπρόθεσμες τροποποιητικές δηλώσεις εισοδήματος λόγω καθυστέρησης έκδοσης βεβαίωσης από αρμόδιο φορέα (όχι μόνο εισοδήματος αλλά και άλλων στοιχείων όπως π.χ. τόκων κ.λπ).

• Για εκπρόθεσμη τροποποιητική δήλωση εισοδήματος, που αφορά στη διαγραφή συζύγου μετά από διαζύγιο.

• Για εκπρόθεσμη τροποποιητική δήλωση εισοδήματος για αλλαγή/συμπλήρωση λογαριασμού IBAN.

• Για εκπρόθεσμες τροποποιητικές δηλώσεις που αφορούν στη «φιλοξενία» για φορολογικούς λόγους.

Στην τροποποιητική δήλωση ο φορολογούμενος δεν χρειάζεται να συμπληρώσει από την αρχή όλους τους κωδικούς της δήλωσης του αλλά θα τροποποιήσει ή θα συμπληρώσει μόνο τα σημεία εκείνα της αρχικής δήλωσης στα οποία υπάρχουν λάθη ή παραλείψεις. Τα συνυποβαλλόμενα έντυπα Ε2 και Ε3 υποβάλλονται σε κάθε περίπτωση, έστω και αν δεν υπάρχει μεταβολή στα δεδομένα των εντύπων. Επιλέγει από την υποβολή τροποποιητικής το αντίστοιχο έντυπο, το σύστημα εμφανίζει τα δεδομένα της αρχικής δήλωσης και μετά οριστικοποιεί ή τροποποιεί ανάλογα.

• Όταν το χρεωστικό αποτέλεσμα της τροποποιητικής δήλωσης είναι μικρότερο εκείνου της αρχικής δήλωσης, η διαφορά δημιουργεί πιστωτικό υπόλοιπο το οποίο εκκαθαρίζεται από τη ΔΟΥ σύμφωνα με τις οδηγίες της Φορολογικής Διοίκησης και τις σχετικές διαδικασίες ελέγχου.

• Όταν το πιστωτικό αποτέλεσμα είναι μικρότερο εκείνου της αρχικής δήλωσης, δημιουργείται ΕΙΔΙΚΟΣ ΧΡΗΜΑΤΙΚΟΣ ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ με τη διαφορά, ο οποίος θα εμφανιστεί στην "προσωποποιημένη πληροφόρηση" και το πιστωτικό της αρχικής δήλωσης θα εκκαθαρίζεται από τη ΔΟΥ, σύμφωνα με τις οδηγίες της Φορολογικής Διοίκησης και τις σχετικές διαδικασίες ελέγχου, με ημερομηνία συμψηφισμού την ημερομηνία υποβολής της αρχικής δήλωσης (από την οποία προέκυψε).

• Όταν η αρχική δήλωση είναι πιστωτική και η τροποποιητική δήλωση χρεωστική, δημιουργείται ταυτότητα οφειλής για το χρεωστικό ποσό της τροποποιητικής δήλωσης και ΕΙΔΙΚΟΣ ΧΡΗΜΑΤΙΚΟΣ ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ για το πιστωτικό της αρχικής δήλωσης το οποίο θα εμφανίζεται στην "προσωποποιημένη πληροφόρηση".

Το πιστωτικό της αρχικής δήλωσης θα εκκαθαρίζεται από τη ΔΟΥ, σύμφωνα με τις οδηγίες της Φορολογικής Διοίκησης και τις σχετικές διαδικασίες ελέγχου, με ημερομηνία συμψηφισμού την ημερομηνία υποβολής της αρχικής δήλωσης (από την οποία προέκυψε).